1913 erwarb die Benediktinerkongregation von St. Ottilien das ehemalige Kloster. Bereits 1914 wurde Münsterschwarzach wieder der Rang einer Abtei zuerkannt. Ihre Aufgabe ab 1920 bestand in der Ausbildung von Missionaren für Afrika, Asien und Südamerika.

Erst 1938 erhielt das Kloster wieder eine große Abteikirche, deren Architektur an die Zeit der Romanik erinnert.

Das Kloster betreibt heute einen Verlag mit Druckerei, eine Goldschmiedwerkstatt, Bäckerei und Metzgerei, Landwirtschaft und das Egbert-Gymnasium.