1803 wurde die Abtei im Zuge der Säkularisation aufgelöst. Die Nonnen durften wohnen bleiben. Fünf von ihnen erlebten 1838 unter König Ludwig I. von Bayern die Wiedererrichtung. 1901 wurde das Kloster erneut zur Abtei erhoben und ist damit neben dem Nonnberg in Salzburg das älteste bestehende deutschsprachige Frauenkloster nördlich der Alpen.

War es nach der Säkularisation vor allem der Schul- u. Internatsbetrieb, so hat sich das Kloster seit der Schließung dieser Einrichtungen u.a. in den Dienst der Erwachsenenbildung gestellt. Weitere Erwerbszweige sind der Klosterladen mit Buchhandlung, in denen auch die eigenen Produkte (Klosterlikör, Lebkuchen, Marzipan) angeboten werden, und die Kellerei.